De oorspronkelijke kapel stond er waarschijnlijk al rond 1300. De onderbouw van het koor moet nog uit die tijd stammen.

Die oorspronkelijke kapel is gesticht door Jan I van Cuijk. Volgens de overlevering deed hij dat als boetedoening voor zijn betrokkenheid bij de moord op de Hollandse graaf Floris V in 1296. Tussen 1450 en 1475 is het huidige gebouw neergezet. De kapel was in deze tijd nog onderhorig aan de parochiekerk van Sint Martinus in Cuijk.

Rond 1550 had de kerk eigen kerkmeesters en een koster. Er werden ook missen opgedragen. Kortom, er is al ontwikkeling richting een zelfstandige parochiekerk. En in 1564 krijgt de kapel die status dan ook, maar dat is binnen een eeuw weer over. Want na de Vrede van Munster in 1648 wordt de Lambertuskerk gesloten: in de jonge Republiek der Verenigde Nederlanden is de openbare uitoefening van het Rooms-katholieke geloof niet meer toegestaan. De kerk in Linden gaat (bij gebrek aan protestanten die het gebouw zouden kunnen gebruiken) op slot.

De Lindense katholieken gaan kerken in Kleef of Mook. Even, van 1672 tot 1674, krijgen de Lindenaren hun kerk terug, van de Fransen. Maar na hun vertrek verliest de kerk opnieuw zijn functie als godshuis en wordt voortaan gebruikt als zoutopslagplaats.

Aan het eind van de zeventiende eeuw wordt het allemaal wat losser: op veel plaatsen bouwen de katholieken een zogenaamde schuurkerk: een onopvallend gebouw waarin men ter kerke kan gaan. In Linden komt geen schuurkerk, maar een huiskerk (of kerkhuis). In 1698 bouwt pastoor Verstraten een kerkhuis met woning. Een heel fraai soort schuilkerk, waar een van zijn opvolgers later nog dankbaar gebruik van zal maken voor zijn seminarie.

Na opnieuw een inval van de Fransen en de stichting van de Bataafse Republiek krijgen de Lindenaren in 1798 hun aloude kerk weer terug. Pastoor De la Roche was niet zo heel erg blij met dat oude, vervallen gebouw. Dit in tegenstelling tot zijn parochianen, die wel blij waren met het oude kerkje. De onenigheid daarover heeft zich jarenlang voortgesleept en leidde uiteindelijk tot de overplaatsing van de pastoor in 1813.

Dankzij de parochianen, onder aanvoering van burgemeester Ruth Kuijpers, die de naburige boerderij De Romein bewoonde, bestaat het kerkje tot op de dag van vandaag. Het is inmiddels een aantal malen gerestaureerd, en een sieraad voor Linden.